Appels à collaboration
La filière AnDDI-Rares met à disposition un espace dédié aux appels à collaboration afin de faciliter les interactions de recherche. Cette page propose de lister les appels à collaboration afin de favoriser la mise en commun de patients présentant des variants dans un nouveau gène ou un gène ultra rare ainsi que la recherche de collaborateurs dans le cadre du dépôt d'un projet de recherche.
341 résultats pour votre recherche
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25 août 2021
AnDDI-Collaboration #215
SNV ou CNV dans le gène JARID2
Bonjour à tous,
Le gène JARID2 a été récemment impliqué dans les troubles neuro-développementaux (PMID: 33077894). Afin de mieux décrire les caractéristiques cliniques et génotypiques, nous souhaiterions publier une nouvelle série de cas, associée aux résultats obtenus avec le modèle murin. Nous recrutons des patients avec SNV ou CNV.
N’hésitez pas à nous contacter.
Amicalement,
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25 août 2021
AnDDI-Collaboration #214
Variant décalant le cadre de lecture dans SCARP
Bonjour,
Nous avons sur Nîmes deux patients présentant un syndrome dysmorphique avec retard d’acquisition et un variant décalant le cadre de lecture dans SCARP, localisé en dehors des exons 33 et 34 impliqués dans le syndrome Floating-Harbor (F-H), identifié par analyse de l’exome. La description de la pathologie est très récente (Rots et al, 2021 et Nogueira et al, 2021, publiés en juin 2021) avec très peu de données phénotypiques et sur l’histoire naturelle de la maladie, différente du syndrome F-H (forme allélique). Nous souhaitons lancer un appel à collaboration afin de tenter de constituer une cohorte pour mieux décrire ces aspects chez ces patients.
Merci de me contacter.
Dr Philippe KHAU VAN KIEN
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23 juillet 2021
AnDDI-Collaboration #213
Syndrome de Weill-Marchesani
Bonjour,
Afin de mieux décrire les caractéristiques cliniques et génotypiques du syndrome de Weill-Marchesani, nous reprenons les patients porteurs d’un syndrome de Weill-Marchesani avec mutation(s) identifiée(s) dans ADAMTS10, ADAMTS17, LTBP2 ou FBN1.
Nous sommes disponibles si vous avez des questions.
Bien cordialement,
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23 juillet 2021
AnDDI-Collaboration #212
Variants dans le gène BMP4
Chers Collègues,
Nous sommes à la recherche de patients présentant des variants dans le gène BMP4 (de novo ou hérités, mono ou bi-alléliques). Les variants dominants de ce gène sont responsables d’un spectre large de malformations (ophtalmologiques, rénales, extrémités) et peuvent s’accompagner d’autres signes (retard psychomoteur, déficience intellectuelle, anomalies cérébrales). Nous avons pour le moment six nouveaux patients de quatre familles et en cherchons d’autres afin de mieux préciser le spectre phénotypique.
Vous pouvez nous contacter : sandra.whalen@aphp.fr et cyril.mignot@aphp.fr
Merci de votre aide
Sandra Whalen
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22 juillet 2021
AnDDI-Collaboration #211
Variation pathogène dans le gène KDM3B
Bonjour à tous,
Le syndrome de Diets-Jongmans (OMIM 618846) est associé à des variations hétérozygotes dans le gène KDM3B. Nous aimerions développer une épisignature en collaboration avec l’équipe de Bekim Sadikovic pour aider à la classification de variations de signification incertaine dans ce gène.
Nous souhaitons recruter des patients avec une variation pathogène dans KDM3B. Nous avons besoin de 3 µg d’ADN par individu.
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29 avril 2021
SAMD9
Cas fœtaux de syndrome SAMD9
Bonjour,
Dans le cadre d’un DIU de fœtopathologie, nous souhaiterions colliger les cas fœtaux de syndrome MIRAGE (SAMD9). Cette cohorte permettrait une description du phénotype fœtal et de préciser la présentation anténatale de ce syndrome (idéalement avec examen fœto-placentaire). Un appel à collaboration a également été déposé sur le site de la SOFFOET. Si vous avez des fœtus ou patients avec décès néonatal concernés, merci de nous contacter.
Bien cordialement
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27 avril 2021
AnDDI-Collaboration #208
Méthylomes: VSI – Episignatures – Epivariations
Chers tous,
Comme présenté il y quelques mois à certains d’entre vous, nous avons développé un double pipeline nous permettant de rattacher des VSI à des épisignatures connues. Suite à cette présentation, nous avons optimisé notre pipeline de création d’épisignatures à partir des données librement accessibles sur GEO et obtenons des performances très intéressantes (liste des gènes concernés).
Par ailleurs, dans une approche différente de celle des épisignatures, nous pouvons également apporter une aide concernant les patients évocateurs de syndromes spécifiques (y compris en l’absence d’épisignature connue, comme pour le KBG) mais avec exome négatif en recherchant des épivariations qui, par exemple lorsqu’elles sont situées au promoteur d’un gène, pourraient induire un effet perte de fonction. Nous suspectons leur implication dans certains cas de syndromes neurodéveloppementaux.
Nous disposons d’un financement permettant de réaliser des methylomes (puces EPIC) sur un nombre limité de patients avec trouble du développement.
Nous vous proposons :
1) d’analyser des VSI 3+ sur les gènes correspondant à la liste ci-jointe afin de rechercher une épisignature permettant de classer ce VSI comme pathogène ou non. Sans être limitatif, ce genre de variations génétiques semblent de bon candidats :
- Faux-sens rares (max 3 gnomAD) prédits pathogènes hérités
- In frame-Indel rares (max 3 gnomAD) hérités
- Autres variants de novo
- Autres variants faux-sens + phénotype très concordant
- Duplications partielles
- Délétions introniques
- … Et toute situation où l’existence d’une épisignature vous permettrait de passer le variant en classe 4.
2) d’analyser des sujets présentant une forme syndromique évocatrice mais dont le séquençage est négatif afin de rechercher une épivariation sur le(s) gène(s) d’intérêt
Si vous êtes intéressés, pouvez-vous s’il vous plaît renseigner le fichier indiqué ci-dessous et nous envoyer 3ug d’ADN par individu.
Le fichierN’hésitez pas à nous joindre pour plus d’info.
Encore merci de votre aide, n’hésitez pas à partager ce mail à d’autres collègues intéressés qui ne seraient pas encore dans la boucle.Dominique Campion, Thomas Husson, Camille Charbonnier
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12 avril 2021
AnDDI-Collaboration #207
Patients atteints de SED de type parodontal (type VIII)
Bonjour à tous,
nous avons commencé à constituer une cohorte de patients atteints d’un syndrome d’Ehlers-Danlos de type parodontal (type VIII), porteurs de variations pathogènes dans les gènes C1R et C1S, dans le but de décrire les complications vasculaires possibles dans ce syndrome.
Nous souhaitons à présent élargir notre cohorte afin de décrire plus finement les particularités morphologiques observées chez ces patients.
Ainsi, si vous suivez des patients atteints de SED de type parodontal nous serions heureuses de pouvoir les inclure dans notre travail. De même, si vous suspectez ce diagnostic chez certains de vos patients, vous pouvez adresser l’ADN au Dr Anne LEGRAND, au laboratoire de biologie moléculaire de l’HEGP, pour une étude des gènes C1S et C1R.
Amicalement
Salima EL CHEHADEH et Anne LEGRAND
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08 avril 2021
AnDDI-Collaboration #206
Bonjour,
Nous avons détecté une variation homozygote frameshift dans le gène PPFIBP1 chez une jeune fille, issue d’une union consanguine, présentant une encéphalopathie épileptique avec microcéphalie, et malheureusement décédée.
Il s’agit d’un gène récemment rapporté chez trois frères issus d’une union consanguine présentant un phénotype similaire (PMID: 30214071).
Un travail collaboratif avec une équipe allemande vient de débuter, mais nous aimerions identifier des patients supplémentaires afin d’asseoir rapidement la pathogénicité de ce gène car le couple, ayant perdu trois enfants sur trois (d’autres pathologies pour les deux autres enfants), a un nouveau projet de grossesse et est demandeur d’un diagnostic prénatal.
Merci de nous contacter si vous avez des patients avec variation perte de fonction dans ce gène.
Merci,