Les observatoires

La première étape a consisté à concevoir et déployer le Set de Données Minimum Génomique (SDM-G), en étroite collaboration avec la Banque Nationale de Données Maladies Rares (BNDMR) et l’inter-filières de santé maladies rares (inter-FSMR).

Objectifs du SDM-G 

Le SDM-G a été développé afin de répondre à plusieurs enjeux majeurs :

• Mettre à disposition des centres experts, toutes filières confondues, un outil adapté aux évolutions des parcours diagnostiques en génétique ;
• Harmoniser le recueil des données génomiques à l’échelle nationale ;
• Identifier de manière standardisée les situations d’errance et d’impasse diagnostiques ;
• Améliorer le repérage des patients susceptibles de bénéficier de nouvelles investigations génétiques ou d’un accès à l’innovation diagnostique.

Pour atteindre ces objectifs, le SDM-G propose un recueil d’informations génomiques plus détaillé que celui disponible dans BaMaRa. Il permet ainsi de documenter avec davantage de précision les examens réalisés ou non chez un patient et de caractériser plus finement les situations d’errance ou d’impasse diagnostiques.

Développement et mise en œuvre

La filière a constitué un groupe de travail dédié en décembre 2020 et élaboré une première version du SDM-G en lien étroit avec la BNDMR. Cette trame initiale a ensuite été soumise à l’interfilières pour relecture, enrichissement et validation.

Dans un second temps, la filière a contribué à l’évolution de l’outil afin d’assurer son interopérabilité avec les interfaces HYGEN et SPICE, utilisées pour la e-prescription au sein des laboratoires de biologie médicale de génétique moléculaire (LBM-FMG) des plateformes AURAGEN et SeqOIA.

Le SDM-G est disponible depuis juillet 2023. Son déploiement s’est accompagné de la mise à disposition d’un guide de codage ainsi que de sessions de formation destinées aux nouveaux utilisateurs, afin de favoriser une utilisation homogène et harmonisée de l’outil sur l’ensemble du territoire.

Apports du SDM-G

Le SDM-G constitue aujourd’hui un outil structurant qui permet notamment :

• D’optimiser les stratégies diagnostiques en tenant compte des examens déjà réalisés et des ressources disponibles ;
• De faciliter la prescription d’examens via les plateformes AURAGEN et SeqOIA (une interopérabilité de remplissage du SDM-G avec des résultats de séquençage issue des deux plateformes est en cours de mise en place) ;
• D’identifier les patients éligibles à des projets de recherche ou à des études donnant accès à de nouvelles technologies diagnostiques.

Plus largement, le SDM-G représente un levier essentiel pour améliorer le repérage des patients susceptibles de bénéficier de nouvelles investigations génétiques et pour suivre l’évolution des pratiques diagnostiques à l’échelle nationale.

Synopsis: Étude de l’évolution entre 2012 et 2022 des situations d’errance et d’impasse diagnostiques dans le contexte de la diffusion des techniques de séquençages haut débit (SHD) au sein de la filière AnDDI-Rares. L’objectif était, au sein des centres AnDDI-Rares, de reprendre les dossiers sur 1 semaine tirée au sort de l’année 2012 (avant exome), de repérer les personnes sans diagnostic, d’évaluer leur parcours après cette date, et de leur proposer une réévaluation diagnostique avec accès aux nouvelles technologies. La même démarche initiale a été réalisée sur les dossiers de la même semaine tirée au sort en 2022 avec accès direct au génome (via PFMG, si indiqué). Cette étude a permis d’analyser les parcours, la demande des familles, et d’évaluer l’évolution des situations d’impasse diagnostique au sein de la filière, avec l’intérêt des nouvelles technologies.  

Dans le cadre des activités de soin, le premier volet de l’observatoire du diagnostic a permis d’évaluer l’évolution des situations d’errance et d’impasse diagnostiques entre 2012 et 2022. 

Cette analyse, portant sur 981 patients, a mis en évidence l’impact majeur des nouvelles technologies génétiques dans l’amélioration du rendement diagnostique. L’intégration progressive des approches de séquençage à haut débit, notamment le séquençage du génome, a permis une augmentation significative du taux de diagnostic, avec un rendement pouvant atteindre plus de 30 % dans certaines situations complexes.

Ces résultats confirment l’intérêt de poursuivre les efforts visant à faciliter l’accès aux examens génétiques les plus performants.

Pour en savoir plus sur ce projet : lien article quand disponible

Ce projet a été coordonné au niveau national par les Prs Laurence Faivre (Dijon) et Estelle Colin (Angers) et les analyses réalisées par Julien Maraval en lien avec le CIC-EC du CHU de Dijon. La très grande majorité des centres de la filière a participé à ce projet national dont les centres des territoires ultra-marins.

Synopsis: Réévaluation des variations du nombre de copies (CNV) de signification incertaine sporadiques (VSI) de grande taille (de plus de 1 Mb) obtenues depuis le début des analyses en analyse chromosomique par puce à ADN (ACPA) sur le territoire, en partenariat avec le réseau Achro-Puce et l’ANPGM. L’objectif était de revoir la classification avec les connaissances actuelles et optimiser le diagnostic, mais aussi pouvoir rechercher une autre cause pour les CNV restant classés en VSI ou reclassés bénin, par la proposition d’accès aux analyses de génome sur les plateformes PFMG.

Dans ce contexte, et dans le cadre des activités de soin, le deuxième volet de l’observatoire du diagnostic (WP2) permet de transformer certaines situations auparavant considérées comme non résolues en véritables diagnostics de précision, avec un impact direct sur le suivi médical et l’accompagnement des patients. Ce projet est en cours de finalisation et repose sur plus de 200 patients.

Ce projet est coordonné au niveau national par les Prs Damien Sanlaville (Lyon) et Martine Doco (Nantes).

Synopsis: Sortir de l’errance moléculaire, en partenariat avec l’ANPGM. L’objectif était de relancer des analyses avec les nouvelles technologies pour des patients présentant un phénotype syndromique clinique typique (ex: Syndrome de Kabuki) mais dont les tests moléculaires effectués sont revenus négatifs (ou 1 seul évènement si récessif), avec une forte suspicion d’anomalie non exonique au sein des gènes d’intérêt (objectif de 30 patients).

Ce projet de recherche innovant repose sur des analyses génomiques et transcriptomiques approfondies. Ces approches permettent d’explorer de nouvelles pistes diagnostiques (nouveaux gènes) et de mieux comprendre les mécanismes biologiques à l’origine de ces maladies. Ce projet de recherche est toujours en cours et incluera 30 patients. À ce jour il reste moins de 10 places encore à pouvoir.

Ce projet est coordonné au niveau national par le Pr David Genevieve (Montpellier) et les Dr Nicolas Chatron (Lyon) et Amélie Piton (Strasbourg).

Le projet « GENET’ALL – Étude en vie réelle d’une stratégie mobile d’évaluation génétique et multidimensionnelle en ESSMS» s’inscrit comme un projet de parcours de soins innovant et pilote, reposant sur une approche intégrée, multidisciplinaire et “aller vers”, visant à améliorer l’accès au diagnostic, la coordination des acteurs et la qualité de l’accompagnement des patients pris en charge dans les ESSM et n’ayant peu ou pas accès à une consultation de génétique clinique à visée diagnostique.

Le projet va permettre de décrire, en conditions de vie réelle, la mise en œuvre, la faisabilité et les retombées organisationnelles d’une approche, le plus souvent mobile, d’évaluation génétique et multidimensionnelle au sein des ESSMS, chez des patients présentant des limitations d’accès aux consultations spécialisées. Il permettra ainsi d’optimiser son intégration dans les parcours de soins et d’accompagnement, et de préparer son déploiement à plus grande échelle, en identifiant les besoins en coordination, en ressources humaines et en moyens logistiques associés à sa mise en œuvre.Le recueil des données débutera à l’automne 2026.

Ce projet s’adresse aux adolescents et adultes présentant un trouble du neurodéveloppement, notamment un trouble du développement intellectuel, qui rencontrent souvent des difficultés d’accès aux consultations spécialisées et permettant de :

• Faciliter l’accès au diagnostic génétique de précision ;
• Réduire les situations d’errance diagnostique ;
• Renforcer la coordination entre les acteurs sanitaires et médico-sociaux ;
• Identifier les besoins de soins spécialisés ;
• Repérer précocement les fragilités liées à l’avancée en âge ;
• Améliorer les parcours de soins et la qualité de vie des personnes accompagnées.

Cette démarche « aller vers » s’inscrit pleinement dans les objectifs du PNMR4 et illustre la volonté de la filière de rapprocher l’expertise des patients les plus vulnérables.

6 centres de référence maladies rares (CRMR) de la filière AnDDI-Rares se sont portés volontaires (Dijon, Lille, GénoPspy-Lyon, Montpellier, Paris – site Robert Debré et Rennes). D’autres centres sont susceptibles de rejoindre le projet au cours du temps, notamment des centres experts de la filière DéfiScience.