AnDDI-News #9

Octobre 2018

1. Nouvel organigramme de la filière
Au cours du précédent CoPil, une mise à jour de l’organigramme AnDDI-Rares a été votée. Il est dorénavant constitué de 4 axes (Diagnostic et prise en charge – Recherche – (In)Formation – Europe) et 7 commissions transversales (Associations – Communication – Ethique – Fœtopathologie – Outre-mer – Sans diagnostic – Anomalies des membres). Chaque axe et commission est composé de 2 coordonnateurs, d’un groupe de travail, de représentants d’associations et de chargées de mission.Du fait de cette mise à jour, le CoPil est également modifié. Il se compose dorénavant de 48 personnes : 22 coordonnateurs d’axes et de commissions transversales, 2 représentants de chaque groupe de travail (en cours d’identification), soit 22 personnes et 4 représentants d’associations (réélection en juin 2019). Un représentant de chacun des 6 centres de référence coordonnateur de la filière fait partie du CoPil, s’il n’est pas représenté par un de ses membres.
Pour consulter la composition de l'organigramme.

Anne-Sophie Lapointe, chargée de mission en soutien des anciens axes Associations, Europe et Bases de données, a quitté la filière le 1 octobre 2018 et est remplacée par Laetitia Domenighetti. Elle sera à temps partiel jusqu'au 1^er décembre, puis à temps plein sur l’axe Europe et les commissions transversales Associations, Communication, Outre-mer et Sans-diagnostic.

2. Annonce des financements en lien avec la mise en place du PNMR3
Les financements en lien avec la mise en place du PNMR3 ont été présentés au dernier Copil des représentants des filières au ministère de la santé :

• 1,8 M€/an dès 2019 consacrés à l’AAP Filières ;
• 20 M€ consacrés à l’AAP sur les protocoles nationaux de diagnostic et de soins (PNDS) sur la durée du plan et 2.5 M€ dès 2018 ;
• 10 M € consacrés à l’éducation thérapeutique (ETP) sur la durée du plan ;
• 10 M € consacrés à la formation des professionnels aux maladies rares sur la durée du plan.
• 8 M € consacrés aux plateformes d’expertise sur la durée du plan ;
• 2 M € consacrés aux plateformes d’outre-mer sur la durée du plan.

Concernant la recherche :

• 5 x 1.6 M€ en 2019 et 2021 pour les nouveaux Entrepôts de Données FAIR pour les FSMR, soit 16 M€ pour la durée du plan ;
• 3 M€/an pour la participation de la France à l’EJP Maladies Rares, soit 15 M€ pour la durée du plan ;
• 1 M€/an pour le programme de recherche impasses diagnostiques, 4 M€ pour la durée du plan ;
• 1.5 M€/an pour la priorisation de la recherche translationnelle en Maladies Rares, soit 7.5 M€ pour la durée du plan.

La plupart de ces AAP nécessiteront la mise en en place de groupes de travail pour préciser les attendus. La filière vous tiendra informés des informations au fur et à mesure où elles seront disponibles.

3. Appel à projet FSMR
L’appel à projet national pour la 2^ème campagne de labellisation des filières de santé maladies rares a été publié le 9 octobre (note d’information interministérielle n° DGOS/DIR/DGRI/2018/224). Le dossier de candidature devra être soumis avant le 28 janvier 2019.

L’élaboration d’un document de travail a été initiée cet été. Le CoPil se réunira le 15 novembre à Paris afin de travailler sur le plan d’action des 5 prochaines années. Une auto-évaluation sera très prochainement lancée via un groupe de travail dédié.

4. Nouvelles fiches actions
2 nouveaux projets ont été validés au précédent CoPil:

• Soutien à l’élaboration d’un MOOC Médecine génomique et bioinformatique (15.000 euros). Cette action, portée par Kévin Yauy, Evan Gouy et Julien Thevenon sera mise en œuvre durant le 1^er semestre 2019 ;
• Soutien à la création et à la diffusion d’un livre traitant de la différence éprouvée par les enfants porteurs du syndrome de Fanconi (1.000 euros). Ce projet porté par Anaïs Ernault et Sandrine Passemart, sera finalisé à la fin de l’année 2018, avec un envoi d’ouvrages à tous les CRMR/CCMR de la filière.

5. Nouvelles ressources AnDDI-Rares
La filière vous propose de nouveaux supports de formation et d’information :

• Une synthèse du précédent workshop inter-filières sur l’évolution du métier de généticien clinicien avec l’arrivée des nouvelles technologies ;
• Une nouvelle version du document de codage des données BaMaRa avec les spécificités de notre filière ;
• De nouvelles captations des 3èmes jeudis sur l’espace sécurisé du site de la filière.

Les actions majeures de la filière AnDDI-Rares

Axe 1
Amélioration du diagnostic et de la prise en charge

• Plusieurs membres de la filière ont été sollicités en tant que représentants des filières, AFGC, FFGH ou des plateformes pour le groupe de travail sur les données secondaires issues des analyses pangénomiques à l’agence de la biomédecine (Pr Laurence Faivre, Pr Sylvie Manouvrier, Pr Martine Doco-Fenzy, Pr Damien Sanlaville, Dr Bertrand Isidor, Dr Massimiliano Rossi, Dr Pascale Saugier-Veber, Dr Julien Thevenon, Françoise Houdayer). Les réunions ont eu lieu le 26 septembre et le 15 octobre 2018, et feront l’objet d’un document de synthèse.
• La candidature du Pr Alain Verloes a été retenue, en tant que représentant des CRMR et des filières au Copil de la BNDMR.
• Les activités de téléexertise (TLE) concernant la prise en charge pour les maladies rares devraient être reconnues à compter de février 2020 : 1) TLE de 1er niveau « avis donné sur une question circonscrite, sans nécessité de réaliser une étude approfondie d’une situation médicale. L’avis de premier niveau correspond à l’analyse de documents en nombre limité (photographie, résultat d’examen complémentaire isolé, données cliniques y compris pour aider à l’orientation de la prescription, etc.). »: jusqu’à 4 par an par médecin par patient : 12 € - pas de nécessité de connaissance préalable du patient ; 2) TLE de 2nd niveau « avis circonstancié donné en réponse à l’exposition d’une situation médicale complexe après étude approfondie et mise en cohérence. L’avis de second niveau correspond à l’analyse de plusieurs types de documents. »: jusqu’à 2 par an par médecin et par patient : 20 € - nécessité de connaissance préalable du patient.

PNDS de la filière
Actuellement 15 PNDS sont déclarés à la HAS ou en cours de rédaction (pour les consulter).

Le recensement des PNDS par la DGOS confirme la nécessité de poursuivre les efforts de rédaction engagés par les centres. Il va aussi être important d’actualiser les premiers PNDS publiés.

Un projet de création de PNDS électronique est en cours de mise en place. Les syndromes de Williams-Beuren et Kabuki ont été choisis pour créer la maquette fonctionnelle type et le « diagramme décisionnel » spécifique pour chaque syndrome.

RCP au sein des centres AnDDI-Rares
Le recensement des RCP au sein des centres de la filière (81% de réponses), a permis de déterminer le maillage territorial actuel. 79% des centres organisent et/ou participent à des RCP dans le champ des AD +/- déficience intellectuelle. Parmi les répondants, 3 centres n’organisent ni ne participent à des RCP (Le Havre, Pointe à Pitre et Fort de France). Dans les mois à venir, environ 12 nouvelles RCP devraient être mises en place sur l’ensemble du territoire. Il est important de noter que la majorité des centres ont la possibilité de réaliser des RCP en s’associant avec un autre centre, principalement au sein de leur CLAD.

Positionnement des centres :
Pour les cas complexes, si la RCP locale ne peut pas répondre, 45 % des centres s’orienteraient vers une RCP interrégionale et 31 % plutôt vers une RCP de recours sur la plateforme. Par ailleurs, 57 % des centres sont intéressés par la mise en place d’une RCP nationale de recours gérée par la filière AnDDI-Rares.

Le document de synthèse de cette enquête est en cours de rédaction. Il vous sera transmis très prochainement. Un complément d’information sera nécessaire concernant l’organisation des RCP post-test en lien avec la mise en place des plateformes pilotes du Plan France Médecine Génomique, question qui n’était pas encore d’actualité au moment de la diffusion du questionnaire, et qui devrait être relancée par les représentants de l’ANPGM au sein de notre filière.

Focus sur... la journée "Indications et circuit de prescription - PFMG 2025"

Dans le cadre de la mise en place des plateformes pilotes du plan France Médecine Génomique 2025, les filières AnDDI-Rares, DéfiScience et OSCAR, ont co-organisé une journée inter-filières le 28 Septembre 2018. En effet, bien que les filières n'aient pas encore été officiellement sollicitées, elles devraient être contactées rapidement afin de participer aux réflexions sur les indications et le circuit de prescription. Dans ce contexte, il semblait nécessaire d'anticiper et d’amorcer ces réflexions au sein de l’ensemble des filières de santé maladies rares.

Cette journée a permis de réunir l’ensemble des filières de santé maladies rares ainsi que des représentants de la HAS, de la DGOS, de la BNDMR, d’Aviesan ainsi que les responsables des plateformes, du CREFIX, de l’ANPGM et du projet DEFIDIAG, avec un total de 150 personnes. Toutes les filières ont été représentées, 21/23 ont présenté leur vision avec une trame commune.

Les discussions ont été très instructives autant sur l’état d’avancement des différents groupes de travail  que sur les besoins des filières et des plateformes. Actuellement, les pré-indications des plateformes  n’ont pas été définies, et cette journée a permis de faire remonter à la HAS les besoins et les organisations au sein des filières. Compte tenu de la mise en place du projet de recherche DEFIDIAG, il a été annoncé que la déficience intellectuelle ne ferait pas partie des indications initiales de prescription sur les plateformes.

Les échanges de cette journée vous seront restitués lors du 3^ème  jeudi de novembre, et les capatations sont disponibles sur le site de la filière.

Axe 2
Liens avec les acteurs de la recherche fondamentale, translationnelle et clinique

Projet pilote DefiDiag
Le projet Defidiag, visant à étudier différentes stratégies de séquençage haut débit du génome pour le diagnostic génétique des patients atteints de déficience intellectuelle, étude pilote du plan France Médecine génomique, coordonnée par le Pr Hélène Dollfus, devrait pouvoir débuter au 1er trimestre 2019. Après prise en compte des commentaires du comité scientifique international, le dossier va être soumis au CPP mi Octobre 2018. 

12 centres d'inclusion seront ouverts (Bordeaux, Dijon, Lille, Lyon, Marseille, Montpellier, Nantes, Paris Necker, Paris Pitié Salpétrière, Rennes, Rouen, Strasbourg). 6 laboratoires participeront aux analyses pangénomiques (Dijon, Lyon, Paris Necker, Paris Pitié Salpétrière, Rouen, Strasbourg). 

Toutes les données des patients seront rentrées dans un cahier d'observation électronique, et les malades et leur famille bénéficieront de nouveaux prélèvements pour étude du génome en trio. Il est prévu d'inclure une moitié des patients de novo c'est à dire  n'ayant pas eu de bilan génétique préalable. Un bilan neuropsychologique sera réalisé dans le cadre du projet si aucune évaluation n'est disponible.  L'étude comporte des objectifs secondaires  pour avancer sur un grand nombre de questions posées dans le champ des sciences humaines et sociales.

Afin de répondre au plus vite aux questions posées par l'étude, il est probable que la déficience intellectuelle ne fasse pas partie des "pré indications" lors de la mise en place des plateformes pilotes du Plan France Médecine Génomique (sauf peut être en cas de contre indication à l'inclusion dans DEFIDIAG). Il est donc particulièrement important que les centres d'inclusions puissent s'organiser pour recevoir des patients d'autres centres de leur interrégion afin que ceux-ci puissent faire bénéficier leurs patients du séquençage à haut débit.

FASTGENOMICS
Ce projet a pour objectif d'évaluer de façon pilote la capacité à rendre un séquençage de génome (WGS) rapide en situation d’urgence. L’objectif principal sera de déterminer le délai de rendu des résultats du WGS aux patients et à leur famille en situation d’urgence, et d’identifier les verrous.

S’il s’avère concluant, ce projet pilote permettra ensuite de rédiger un projet national au sein de la filière dans le but de comparer le taux diagnostique du séquençage de génome complet rapide à celles de l’approche conventionnelle (séquençage ciblé d’un ou plusieurs gènes candidats et/ou CGH-array), dans un contexte de maladies génétiques responsables de pathologies pédiatriques sévères, à révélation précoce ou d’évolution rapide.

Ce projet pilote pourra être proposé aux individus hospitalisés en réanimation néonatale ou soins intensifs néonatologiques et pédiatriques, présentant une suspicion de maladie génétique, sans diagnostic clinique évident pour les situations où un diagnostic est requis pour la prise en charge réanimatoire. 28 trios seront réalisés. Les inclusions seront effectuées dans un CRMR, centre d’inclusion de l’étude DISCOVERY. Les données cliniques seront renseignées dans un cahier d’observation (e-CRF) dédié.

Les inclusions débuteront au 1^er novembre 2018. Cette étude est co-financée le laboratoire Sanofi-Genzyme. Le CHU Dijon Bourgogne et la région Bourgogne Franche-Comté.

Focus sur... les appels à collaboration AnDDI-Rares

La quantité de données génomiques augmentant significativement avec l’arrivée du séquençage haut débit dans les maladies rares, le partage massif de données cliniques et génomiques apparait primordial. Des initiatives internationales telles que GeneMatcher ont notamment émergé. Ainsi, la filière AnDDI-Rares a mis en place un espace dédié sur son site internet afin de : 1) dynamiser les collaborations au sein de son réseau, 2) constituer des cohortes nationales, 3) décrire des phénotypes de maladies rares et 4) identifier de nouveaux gènes responsables d’anomalies du développement.

 « AnDDI-Collaboration », diffuse, depuis janvier 2017, des appels à collaborations portant sur tous types de collaborations de recherche, dans un but de dynamiser la recherche collaborative et faire connaitre largement les initiatives de recherche au sein de la filière. A ce jour, l’espace AnDDI-Collaboration comptabilise 78 requêtes, soit en moyenne 4 par mois.

Pour consulter les appels à collaboration
Pour soumettre un appel à collaboration

Axe 3
Actions de formation et d'information en commun au sein de la filière

Séminaire "Ethique et médecine génomique"
Comme tous les 2 ans, la filière AnDDI-Rares co-organisera avec la FHU-TRANSLAD, la plateforme sociétale de Genotoul et la Société Française de Médecine Prédictive et Personnalisée, un séminaire intitulé « Vers une médecine génomique : un changement majeur du système de santé ». Il se déroulera le jeudi 6 décembre 2018 à Dijon, en présence de Pr Pascal Borry (Centre for Biomedical Ethics and Law, Leuven, Belgique). L’inscription est gratuite mais obligatoire en ligne.

Pour consulter le programme

Retour sur la formation "2 jours NGS"
Les 4 et 5 octobre, une centaine de professionnels a participé à la 1^ère session des « 2 jours NGS », à la Pitié Salpêtrière. Cette formation, co-organisée par AnDDI-Rares, DéfiScience, l’ANPGM et l’AFGC, proposait 4 demi-journées thématiques (génétique clinique, éthique, génétique moléculaire, bioinformatique). Les participants pouvaient lors de l’inscription, choisir un niveau d’expertise pour chaque thématique (basique, intermédiaire, confirmé).

Au vu des 1ers retours, cette formule de formation a été très appréciée. Une analyse des questionnaires de satisfaction est en cours et permettra d’optimiser la prochaine session.

Pour rappel, la 2^ème session aura lieu les 23 et 24 janvier 2019. Les inscriptions sont closes et une liste d’attente a été créée afin de remplacer les éventuels désistements. Une 3^ème session sera potentiellement mise en place durant du 2ème semestre 2019.

Focus sur... la génétique expliquée aux enfants

Familiariser tôt les enfants à la notion de handicap génétique permettrait de faciliter l’intégration d’enfants concernés par ces pathologies dans la société. Les enfants étant les ambassadeurs dans les familles, ils peuvent également contribuer au changement de regard des parents.

Une initiative de sensibilisation à la génétique et à la différence a été mise en place à Dijon par la FHU TRANSLAD. Plusieurs écoles ont eu la possibilité de participer à ce projet. Des interventions expliquant la génétique par les professionnels du service clinique ou de l’équipe de recherche, une sensibilisation à la différence par les associations de patients et des expériences ont été proposées aux élèves de différents niveaux (CP à CM2). Ces interventions ayant rencontré un vif succès auprès des élèves et des enseignants, la filière AnDDI-Rares a souhaité soutenir cette initiative par une fiche action, en produisant un support pédagogique qui pourra être utilisé sur tout le territoire. Lorraine Joly, psychologue du service de génétique de Dijon, a souhaité, à travers un film ludique et pédagogique, « embarquer » les enfants dans un voyage au Pays de la génétique, une plongée dans le corps humain qui leur permette de s’approprier des notions sur la génétique. Attiser la curiosité pour mieux permettre l'implication de ces petits scientifiques en herbe. Cet outil pédagogique est un support pour favoriser les échanges sur cette thématique.

Axe 4
Liens avec des actions et programmes européens

Nouvelles brèves

• L’Europe a donné les conditions pour les nouvelles candidatures en tant qu’HCP. En dehors des pays faiblement représentés ou en émergence, un nouvel HCP ne pourra être labellisé que s’il peut « apporter un plus » par rapport aux autres HCP du même pays.
• Les conditions du Brexit ont été affinées, le Pr Alain Verloes prendra la suite du Pr Jill Clayton-Smith pour la coordination de l’ERN en Mars 2019. Il sera assisté par Rasika Sowmyalakshmi, en charge de la coordination administrative de l’ERN ITHACA.
• La 2^ème réunion annuelle de l’ERN ITHACA a eu lieu à Paris le 8 octobre 2018, suivie le 9 octobre par une réunion pour les HCP et associations françaises et anglophones, animée par Matt Bolz-Jonhson (Eurordis)

Solve-RD
Suite aux propositions de collaborations à la mise en commun d’exomes négatifs, certains centres français ont débuté les démarches administratives pour pouvoir être reconnus en tant que partenaires du projet. En parallèle, la 2^ème réunion de présentation des observations qui pourraient bénéficier d’analyses nouvelles (génome, multi-omics) a eu lieu le 8 octobre, après la réunion annuelle de l’ERN ITHACA. La prochaine session aura lieu en novembre, à la conférence de dysmorphologie de Manchester. Pour rappel, les patients concernés sont des patients sans diagnostic « unique and disctinctive », les « unsolvables » (pathologies avec échec d’exome par plusieurs équipes), les cohortes sans pathologie moléculaire connue. Il est également possible de présenter des observations via le CPMS, ou au sein des 3^èmes jeudis de génétique en France.

European Joint Program
Le dossier EJP a été favorablement évalué, avec l’obtention d’un financement dédié.
Sur le volet formation, ERN ITHACA a été sollicité pour la Task 16.2: Developing the online course, avec la thématique suivante: Diagnosis in rare disease: diagnostic tools (available and in development); NGS and HTS latest developments; current and future major therapeutic approaches in RD. Les HCP de Sienne (bénéficiaire du financement), Dijon, Manchester seront en charge d’une proposition, et des volontaires pour le groupe de travail peuvent se manifester. Le but est de mettre en place un programme d’éducation gratuit et certifié, comprenant des enseignements et des MOOC (Massive Open Online Course), pour une audience académique, mais aussi pour un public plus large, pour une durée de 10 à 15h, sur 2 à 5 semaines. Un prestataire de service sera proposé à cet effet.

Focus sur... le Clinical Patient Management System

Les membres des ERN ont tous accès à une plateforme sécurisée CPMS, pour soumettre des observations de patients au sein de leur ERN. Cette opportunité a surtout du sens pour les patients sans diagnostic, et ainsi obtenir un avis d’experts européens, mais peut aussi concerner des avis de prise en charge, ou montrer des observations didactiques, participer à des appels à collaboration. Cette opportunité permet de garantir une harmonisation de la prise en charge en Europe. Les données partagées peuvent inclure des photographies, des imageries, des rapports de laboratoire. Un consentement spécifique est nécessaire pour toute soumission dans le CPMS. La version française est consultable.

Depuis son ouverture en novembre 2017, 20 observations ont été soumises dont 5 françaises. Les thématiques principales sont la déficience intellectuelle syndromique et les syndromes malformatifs.

La prise en main de l’outil n’est pas forcément simple, et les centres de référence de la filière ont proposés la mise en place d’un réseau de juniors en charge du CMPS, coordonné par aurore.garde@chu-dijon.fr.

En dehors des HCP qui ont un accès, il est possible d’avoir un accès au CMPS en tant qu’invité. En attendant le changement de coordination, cette démarche peut être demandée auprès de Michael Smith.

Dates des évènements à venir, impliquant la filière

Réunion du Groupe de travail "Plan d'action"
Paris

 20
décembre

 6
décembre